Kobato est une jeune fille qui découvre le monde des humains aux côtés d'Ioryogi, un chien en peluche qui parle et crache des flammes. Elle est chargée d'une mission : remplir une bouteille magique de «sentiments blessés». Pour ce faire, Kobato doit acquérir la mystérieuse bouteille en se montrant capable de vivre parmi les hommes. C'est le début d'un voyage initiatique pour notre jeune héroïne, qui n'est pas au bout de ses surprises...